Karaçay-Malkar Türkleri yüzyıllardan beri, Kafkas Dağları’nın en yüksek zirvesi olan Elbruz dağının (Mingi Tav) yüksek bölgelerinde ve derin vadilerde yer alan köylerde yaşayan iki kardeş topluluktur. Elbruz dağının bir ucunda Karaçaylılar, diğer yamacında Malkarlılar yaşar. Bu coğrafi konumun dışında aralarında hiçbir farklılık yoktur.

1920’li yıllarda Sovyetler’in "Kollektivizm" politikası gereği, dağ köylerinde yaşamakta olan pek çok Karaçay-Malkar ailesi düzlüklere göç ettirilerek buralarda kurulan yeni köylere yerleştirildiler.

Dilleri batı Türk dilleri grubundandır. Kıpçak ve Kıpçak alt grubunda sınıflandırılabilir. Kuzey Kafkasya'da bulunan Kumukçave Nogay diline de benzerlik gösterir. Tarihî, antropolojik, arkeolojik ve linguistik araştırmalar Karaçay-Malkarlıların bu bölgede uzun yüzyıllar hakimiyet kuran Türk kavimlerinin torunları olduklarını ortaya koymaktadır.

Karaçay-Malkar halkının etnik yapısının oluşmasında Hunlar-Kara Bulgarlar, Alanlar, Hazarlar ve Kıpçaklar gibi Türk kavimlerinin payı vardır.

1828 yılına kadar Rus idaresine tabi olmadılar, bu tarihten sonra Karaçaylılar Çerkeslerle birlikte 1862 yılına değin Ruslarla çarpıştılar. 1864'de Karaçay'ı da kapsayan Çerkesya'nın Rus istilasına uğraması sonucu, büyük bir göç olayı (deportasyon) yaşandı. Rusların Kafkasya’yı işgali sonunda 1880'li yıllardan itibaren zaman zaman Karaçay-Malkar halkının bir bölümü diğer Kafkas kabileleri ile Türkiye’ye göç etmek zorunda kaldı. Bugün bu göçmenlerin torunlarından yaklaşık 25 bin Karaçay-Malkarlı Türkiye’de, 10 000 civarında Karaçay-Malkarlı ise Suriye’de, bir kısmı da ABD'nde yaşamaktadır.

1917 Bolşevik ihtilali sonrasında bütün Kafkasya'da ve bu arada Karaçay-Malkarda da 1918'de çok kısa bir süre bağımsızlık heyecanı yaşandı. Fakat bu heyecan Beyaz ordu tarafından kanla bastırıldı. Ardından Kızıl Ordu saldırısı başladı. 1920'de Beyaz ordu Kızıl ordu tarafından bölgeden atıldı ve Karaçay-Malkar da "Sovyet" sistemine dahil oldu. Ocak 1921'de kuruluşu onanan Rusya SFSC'ne (RSFSC) bağlı Dağlı ÖSSC içinde 'Karaçay' ve 'Balkar' ulusal okrugları da yer aldılar. Bu özerk cumhuriyetten ayrılan Karaçay okrugu, Ocak 1922'de kuruluşu onanan 'Karaçay-Çerkes Özerk Oblastı'(il) içinde yer aldı. Oblast 1926'da, merkezi Karaçayevsk kenti olan RSFSC'ne bağlı 'Karaçay Özerk Oblastı' ve merkezi Çerkessk olan 'Çerkes Ulusal Okrugu' biçiminde ikiye bölündü. 'Çerkes Ulusal Okrugu', 1928'de 'Çerkes Özerk Oblastı' yapıldı. Ağustos 1942'deAlman ordusu Karaçay topraklarına girdi ve bölgede beş ay kadar kaldı. Karaçay-Malkarlıllar da 1943 yılı sonlarına kadarSovyetler'e karşı mücadelelerini sürdürdüler. Bu arada Kafkasya'daki Rus karşıtı hareketlere de önderlik ettiler. Bu mücadeleler sırasında büyük nüfus kayıplarına uğradılar.

Bölge Ocak 1943'te Almanlar'dan temizlendi. 2 Kasım 1943 ve 8 Mart 1944'te Alman ordusuyla işbirliği yaptıkları gerekçesiyle Karaçay-Malkar nüfusunun tamamı Orta Asya'ya (Karaçaylılar Kazakistan'a,Balkarlar da Kırgızistan'a) sürüldü. Oysa, Karaçay-Malkarlılardan binlerce kişi Alman işgali sırasında Sovyet Ordusu saflarında da bulunuyordu. Sürgün sırasında çok sayıda Karaçaylı hayatını kaybetti. 2 Kasım 1943 tarihinde Karaçaylılar, 8 Mart 1944 tarihinde de Malkarlılar yurtlarından çıkarılarak topyekün bir sürgüne, etnik temizliğe ve soykırıma tabi tutuldular. Sürgün sırasında büyük bir kayıp verdiler. Gürcistan'a bağlanan eski Karaçay topraklarına da Gürcistan'dan getirilen Svanlar yerleştirildi. Sürgünde 14 yıl kadar kalan Karaçay-Malkarlar'ın (Balkar) 1956'da saygınlıkları geri verildi. 1957'de, 1926 öncesinde olduğu gibi Karaçay-Çerkes Özerk Oblastı yeniden kuruldu, Balkarlar gibi Karaçaylar da geri getirilmeye başlandı. Oblast 3 Temmuz 1991'de RSFSC'ne bağlı bir özerk cumhuriyet oldu, ardından, Aralık 1991 sonunda oluşan Rusya Federasyonu içinde kaldı. Karaçay-Çerkes Cumhuriyeti'nin 2002'de 739.470 olan toplam nüfusunun 169.198'i Karaçay (%63.5), 147.878'i Rus (%11.65), 11.3'iÇerkes (% 1.3;Kabartay ve Besleney), 22.346'sı Abaza (% 7.4) ve 54.873'ü Nogay (% 13.4) idi.^{[kaynak belirtilmeli]} Bu 5 topluluğa ait 5 dil de (Rus, Karaçay, Kabartay, Abaza ve Nogay dilleri), resmi diller statülerindedir. 17.yy. da bölgeye yapılanNogay göçü ve Kırım Tatarları'nın gerçekleştirdiği temaslar Karaçayların İslamı tanımalarına yardımcı olmuştur. Ancak başka bir söylentiye göre, Karaçay-Malkarlıların İslamı kabul etmelerinde 18.yy.da yaşamış İshak Efendi isminde Kabartaylı bir din adamının çalışmaları belirleyici olmuştur. Karaçaylar Sünni hanefidirler ve Kuzey Kafkasya din işlerine bağlıdırlar. Sovyet yönetimi döneminde kapatılmış olan camilerin yerine bugün birçok yeni cami açılmış bulunmaktadır.

Karaçay-Malkar halkı bugün Kafkasya’da "Karaçay-Çerkesya" ve "Kabarday-Balkarya" adlarını taşıyan iki ayrı cumhuriyet deRusya Federasyonu’na bağlı olarak yaşamaktadırlar. 2005'te Karaçaylılar 218,403 Malkarlılar ise 112,924 nüfuslu idiler.